Er bod crucibles graffit yn meddu ar nodweddion megis dwysedd swmp uchel, ymwrthedd tymheredd uchel, trosglwyddo gwres cyflym, ymwrthedd i cyrydiad asid ac alcali, cryfder uchel ar dymheredd uchel, ac ymwrthedd ocsideiddio rhagorol, gall eu glanhau ar ôl eu defnyddio fod yn drafferthus, yn enwedig wrth brosesu rhai deunyddiau crai.
Y cam cyntaf wrth lanhau crucible graffit yw tynnu'r sylweddau cemegol y tu mewn, ac yna glanhau. Mae'r dull glanhau yn dibynnu ar y math o weddillion sy'n weddill yn y crucible. Yn gyffredinol, mae'r dyddodion ar crucibles graffit yn weddillion hylosgi anorganig, y gellir eu glanhau ag asid hydroclorig, gan fod y rhan fwyaf ohonynt yn hydawdd. Fodd bynnag, nid yw rhai gweddillion sy'n cynnwys cydrannau carbon yn hydawdd mewn asid hydroclorig. Mewn achosion o'r fath, gellir defnyddio asid nitrig ar gyfer glanhau, gan fod ganddo briodweddau ocsideiddio cryf. Gellir defnyddio gwresogi hefyd yn ystod y broses lanhau.
Ar gyfer sylweddau sy'n dal yn anodd eu glanhau, gellir eu berwi mewn asid hydroclorig gwanedig neu asid nitrig gwanedig. Sylwch na ddylai'r asid hydroclorig a ddefnyddir gynnwys cyfryngau ocsideiddio fel asid nitrig, nitradau, neu halogenau. Os yw asid nitrig gwanedig yn dal i fod yn annigonol ar gyfer glanhau, yna gellir defnyddio pyrosulffad potasiwm tawdd, sodiwm carbonad, neu borax ar gyfer glanhau.
Mae angen cadw crwsiblau graffit yn lân, gyda'r arwynebau mewnol a thu allan yn llachar ac yn sgleiniog. Ar ôl gwresogi am gyfnod hir, efallai y bydd wyneb allanol y crucible yn mynd yn ddiflas, a thros amser, bydd y diflasrwydd hwn yn treiddio i'r tu mewn, gan achosi i'r crucible fynd yn frau a chrac. Felly, rhaid cael gwared ar unrhyw sylweddau aflan. Os oes staeniau o hyd neu os yw'r wyneb yn ddiflas, rhwbiwch yr wyneb yn ysgafn â thywod mân sydd wedi mynd trwy ridyll 100-rhwyll ac nad oes ganddo ymylon miniog, gan ddefnyddio dŵr fel iraid, i adfer llewyrch yr wyneb.